التحق د/ مصطفى البارودي بالعمل في مستشفى أن أم سي رويال بمدينة خليفة كاستشاري أمراض الدم لدى الأطفال. وكان يعمل سابقًا في مستشفى توام بالعين وعمل مديرًا لقسم أمراض الدم لدى الأطفال في ويسترن ريزيرف كير سيستم في يونجستاون بولاية أوهايو خلال الفترة من 1987 حتى 2000.
حصل د/ مصطفى على العديد من الجوائز المرموقة مثل جائزة البطل المجهول ماهونينج فالي وجائزة تقدير مجموعة دعم فقر الدم المنجلي في يونجستاون، أوهايو، وجائزة أفضل مقيم للعام من مستشفى ميرسي، شيكاغو، إلخ. وكان أيضًا زميلًا للأكاديمية الأمريكية لطب الأطفال وعضوًا في الجمعية الأمريكية لأمراض الدم والأورام عند الأطفال.