حصل الدكتور مختار علي على درجة الدكتوراه في الطب من جامعة أثينا الوطنية، اليونان عام 1983، ثم تلقى تدريبه في الجراحة في السودان وفي المستشفى المركزي ومستشفى الجزيرة في أبو ظبي، الإمارات العربية المتحدة.
حصل الدكتور مختار علي على الزمالة في الجراحة من الكلية الملكية للجراحين في أيرلندا، كما تلقى تدريبه في جراحة الأطفال في مستشفى الجزيرة المركزي والمفرق في أبوظبي. ثم حصل على زمالة البورد الأوروبي في جراحة الأطفال عام 2010
حصل على تدريب المناظير في المستشفى العالمي للمنظار في الهند.
يتمتع الدكتور مختار علي بخبرة في جراحة الأطفال حديثي الولادة وجراحة الجهاز الهضمي والجهاز البولي التناسلي عند الأطفال.
مجال اهتمامه هو إصلاح فتق الحجاب الحاجز والمبال التحتاني والخصية المعلقة.
الدكتور مختار يتحدث العربية والإنجليزية واليونانية.
